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CRISPR筛选联合单细胞测序

单细胞测序的原理是通过对每个单细胞的转录组举行高通量测序，，，来剖析差别细胞之间的基因表达差别。。。这一技术战胜了古板群体测序的局限性，，，能够提供细胞级别的区分率，，，展现统一群体中各个细胞的异质性。。。单细胞测序在多个领域上都具有重大的应用潜力，，，好比研究发育历程中的细胞分解轨迹、肿瘤异质性、免疫细胞的多样性和基因表达调控网络等。。。
单细胞测序联合CRIPR文库筛选是一个主要的应用偏向。。。在单细胞的区分率下，，，通过将sgRNA与转录组情形相关联，，，直接建设基因扰动、其他基因表达谱和表型三者之间的关系。。。
完美真人主要提供基于10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选解决计划，，，可以提供从质粒文库构建、病毒文库包装、文库细胞pool构建、功效筛选实验、单细胞测序及生信等效劳。。。除此之外，，，我们还能提供通例的单细胞测序效劳。。。
 

10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选原理（Direct capture Perturb Seq ）

Direct capture PerturbSeq基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库要领，，，开发了5′端和3′端两种检测sgRNA计划。。。在5′端的检测计划中，，，针对sgRNA后面的恒定序列设计逆转录引物，，，逆转录合成sgRNA序列的cDNA，，，sgRNA-cDNA与其他mRNA-cDNA一同与凝胶微珠上的TSO序列连系，，，毗连上细胞条形码（Cell Barcode，，，CBC）和单细胞转录本奇异的分子标识(unique molecular identifier，，，UMI)，，，举行建库测序。。。在3′端的检测计划中，，，凝胶微珠上具有CBC、UMI和针对恒定区中特定序列设计的反转录引物，，，在逆转录历程中合成sgRNA序列的cDNA，，，并添加TSO序列，，，与其他mRNA-cDNA一同建库测序。。。在经由测序后，，，获得sgRNA与cDNA文库的信息，，，经由生信剖析获得基因扰动与基因调控网络和表型之间的关系。。。
 
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Replogle, Joseph M et al. “Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing.” Nature biotechnology vol. 38,8 (2020): 954-961

10x Genomics的Chromium单细胞CRISPR筛选的优势

① 以单细胞的区分率举行检测，，，直接建设sgRNA与其他基因表达谱和表型之间的关系。。。
② 相比于古板CRISPR筛选技术或单个基因编辑细胞模子，，，具有更高的验证效率。。。
③ Direct capture Perturb Seq的建库测序策略，，，已搭建出成熟的实验平台，，，获得的实验效果更为准确。。。

Advantage and Characteristic

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Optimazied Strategy
We have create a unique sgRNA Design Logic
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精选客户文章

IF=50.5
nature

全球凌驾一半的肝细胞癌（HCC）病例爆发在中国，，，但现在针对中国人群中乙型肝炎病毒（HBV）相关HCC的全基因组剖析研究很是有限。。。为了突破这种限制，，，研究职员启动了“中国肝癌图谱项目”（CLCA），，，旨在对中国人群中的HCC举行大规模的全基因组剖析以明确其奇异的发病机制和进化历程。。。该项目对494例HCC肿瘤样本举行了深度全基因组测序（平均测序深度为120×），，，并剖析了匹配的比照血液样本，，，展现了HBV相关HCC的详细基因组特征。。。研究发明，，，除了已知的编码区驱动基因（如TP53和CTNNB1）外，，，还保存6个新的编码区驱动基因（包括FGA）和31个非编码区驱动基因。。。别的，，，研究还展现5种新的突变特征（包括SBS_H8），，，以及HBV整合形成细胞外环状DNA（ecDNA）的征象，，，这些ecDNA可导致癌基因扩增和表达增添。。。通过功效验证实验，，，研究职员证实了FGA、PPP1R12B和KCNJ12等基因的突变能够显著影响HCC细胞的增殖、迁徙和侵袭能力。。。这项研究效果不但富厚了人们对HCC基因组学的明确，，，也为HCC的诊断和治疗提供了新的潜在靶点。。。

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候选驱动因子概况

IF=27.4
Advanced material

肌腱损伤急性炎症期中，，，巨噬细胞太过激活会导致编码骨桥卵白OPN的SPP1过表达，，，影响组织再生。。。CRISPR-Cas13由于具有RNA编辑和快速降解的能力，，，在组织修复方面具有重大潜力，，，但缺乏合适有用的递送要领。。。对此，，，研究职员系统筛选了针对巨噬细胞的阳离子聚合物，，，开发了一种能够高效递送Cas13核糖核卵白复合物（Cas13 RNP）进入巨噬细胞的纳米簇载体。。。通过反应性氧种（ROS）响应性释放机制，，，该系统能够在肌腱损伤的急性炎症微情形中特异性抑制巨噬细胞中SPP1的过表达。。。实验效果批注，，，这种靶向策略显著镌汰了损伤诱导的SPP1爆发巨噬细胞的泛起，，，降低了成纤维细胞的激活，，，并减轻了肌腱周围的粘连形成。。。别的，，，该研究还展现了SPP1通过CD44/AKT信号通路增进成纤维细胞活化和迁徙的机制，，，并通过抑制这一通路有用缓解了肌腱损伤后的粘连问题。。。

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用于PA治疗的巨噬细胞免疫微情形激活mRNA编辑策略的示意图

IF=12.8
Biomaterials

脊髓损伤（SCI）是一种导致感受自主神经和运动功效的永世性损害的严重致残性疾病。。。干细胞疗法，，，尤其是间充质干细胞（MSCs），，，在SCI治疗中展现出重大潜力但其再生能力有限，，，这限制了其在组织再生中的应用。。。研究团队视察到ABPCs衍生的EVs（EVsABPC）可能携带增进组织再生的生物活性信号，，，因此他们从鹿角芽基祖细胞（ABPCs）中提取并修饰了细胞外囊泡（EVsABPC），，，并将其应用于脊髓损伤（SCI）的治疗研究。。。研究职员发明EVsABPC能够显著增强神经干细胞（NSCs）的增殖，，，增进轴突生长，，，镌汰神经元凋亡，，，并通过调理炎症反应将巨噬细胞从促炎的M1型极化为抗炎的M2型。。。别的，，，经由工程化刷新的EVsABPC（通过激活细胞穿透肽修饰）能够更有用地靶向SCI损伤部位，，，显著改善神经再生和运动功效恢复。。。这些效果批注，，，EVsABPC是一种极具潜力的SCI治疗候选计划。。。

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图解摘要

IF=12.2
Journal of Hazardous Materials

S-异丙甲草胺（S-MET）是我国生产和使用量最大的除草剂之一，，，其化学特征导致其可在土壤中长期保存以及容易通过淋溶和沉降污染地表水和地下水，，，最终影响植物生长和通过食物链危害人类生命康健。。。鉴于现有检测要领的局限性和对高效剖析技术的迫切需求，，，该研究以S-metolachlor为工具，，，使用哺乳动物表达系统天生相关重组抗体。。。在乐成表达抗体的基础上，，，乐成建设了基于这些抗体的免疫剖析要领，，，用于监测情形水样中的S-异丙甲草胺残留。。。icELISA效果显示，，，重组抗体的迅速度和特异性与亲本单抗相似，，，可坚持原有的生物学活性，，，关于江水、农田水和自来水中的S-MET，，，具有优异的准确性和重复性。。。

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图解摘要

IF=10.7
Biosensors and Bioelectronics

细小RNA（miRNA）是一类小的非编码RNA分子，，，通过与特定靶基因的信使RNA（mRNA）相互作用来调控基因表达。。。miRNA在多种疾病的爆发、生长历程中饰演着主要角色，，，被以为是极具潜力的疾病生物标记物。。。该研究使用CRISPR/Cas12a开发了一种为DBmRCA的新型miRNA检测技术。。。该技术使用无毗连酶的哑铃探针和高迅速度的CRISPR/Cas12a信号输出策略，，，实现了在30分钟内对miRNA的高精度定量剖析。。。研究团队通过临床样本验证了该技术的有用性，，，发明miR-200a和miR-126在肺癌组织中的表达水平显著降低，，，且该技术与古板要领效果一致。。。DBmRCA技术具有时间效率高、迅速度强和操作流程简化等优点，，，为临床miRNA剖析提供了一种可靠的工具，，，有望助力肺癌的早期诊断和治疗。。。

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